Istnieje kilka koncepcji wyjaśniających powstawanie zmian w komórkach mózgowych wpływających na zapamiętanie, przechowanie i przypomnienie spostrzeganego materiału. Nie mając możliwości omawiania wszystkich, lub tylko niektórych z nich, przedstawimy dwie mające szersze uzasadnienie.
Jedna z nich to koncepcja śladów pamięciowych, w której przyjmuje się, że na skutek działania bodźców na organizm w układzie nerwowym wytwarzają się nowe połączenia pomiędzy komórkami nerwowymi. Jak wiadomo z badań, w czasie rozwoju organizmu tworzą się coraz to nowe połączenia synaptyczne w mózgu. Koncepcja ta wyjaśnia również fakt, że zdolność zapamiętywania obniża się wyraźnie w starości, gdyż wtedy tworzenie się nowych połączeń jest znacznie utrudnione. Koncepcja śladów pamięciowych tłumaczy funkcjonowanie pamięci trwałej jako tworzenie się nowych połączeń synaptycznych ułatwiających przekazywanie impulsów nerwowych. Takie połączenia, początkowo nieczynne dla przewodzenia impulsów, aktywizują się i potem są stale czynne. Nie wyjaśnia ona jednak działania pamięci doraźnej, gdyż trudno byłoby przyjąć, że połączenie tworzy się w sposób nagły.
Druga koncepcja wyjaśnia powstanie śladów pamięciowych zmianami biochemicznymi zachodzącymi w komórkach nerwowych. Zakłada, że pod wpływem działania bodźców w komórkach nerwowych zachodzą zmiany biochemiczne, w których podstawową rolę odgrywa kwas rybonukleinowy (RNA), biorący udział w procesach przemiany materii zachodzących w komórkach nerwowych. W badaniach eksperymentalnych stwierdzono, że kwas rybonukleinowy, pobrany z okolic mózgu zwierząt uczonych pewnych czynności i wprowadzony do organizmu innych zwierząt nie uczonych, skraca czas wyuczenia się przez nie danych czynności. Zwierzęta nie uczone po otrzymaniu kwasu rybonukleinowego jakby pamiętały doświadczenia zwierząt uczonych. Jest to koncepcja wewnątrz neuronowa śladów pamięciowych, według której pamięć polega na biochemicznym zakodowaniu doświadczeń w komórce nerwowej.
Chcąc wyjaśnić podstawy neurofizjologiczne dla pamięci doraźnej, świeżej, przyjmuje się hipotetycznie, że dla niej istnieją inne mechanizmy. Dla tego rodzaju pamięci istotne jest krążenie impulsów nerwowych przez pewien czas po zamkniętych obwodach neuronów. To krążenie impulsów nie wywołuje zmian strukturalnych w komórkach nerwowych i nie wpływa na pamięć trwałą. Gdy krążenie impulsów w zamkniętych obwodach maleje, informacje nie utrwalają się, gdy zaś zostaje wzmocnione, wpływa to na zmiany strukturalne w komórkach i wtedy występuje pamięć trwała.